Vanaf de jaren zestig van de 16e eeuw dringt ook het calvinisme in de Nederlanden door.
Toen in de Nederlanden het rooms-katholieke geloof verboden werd, moesten alle pastoors overgaan naar het protestantisme.
Het hertogdom Gelre was in de 16e eeuw lang onder het bewind van de sluwe hertog Karel van Gelre (1467-1538). Hij verzette zich fel tegen het protestantisme. Er waren hevige vervolgingen.
Toen Jan van Nassau (1536-1606) stadhouder van Gelderland werd, veranderde de situatie drastisch. De Reformatie werd in Gelderland sterk bevorderd. In tegenstelling tot de situatie in andere gewesten werd de gereformeerde religie in Gelderland van bovenaf verspreid.
Het was in die tijd niet ongebruikelijk dat predikanten uit Duitse streken werden benoemd, in verband met het grote tekort aan predikanten.
Vanaf de jaren 1570 gingen de eerste Gelderse steden over tot de nieuwe religie. Gelderland is op dat moment nog overwegend katholiek. Stadhouder Jan van Nassau stelt zichzelf tot doel om Gelre te herscheppen tot een Calvinistisch-protestantse Provincie der Verenigde Nederlanden. Kort na zijn benoeming verboden de Staten van Gelre verboden alle katholieke gebruiken en dwongen pastoors tot een keuze. De Veluwe is na 1590 volledig staatsgebied.
Na de Vrede van Münster in 1649 werden alle katholieke goederen door de staat geconfisqueerd en werd de Nederduitse Gereformeerde Kerk de staatskerk van de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden. Dit gaf de kerk alle ruimte om classicale vergaderingen te houden en de dorpen te reformeren.
Het werd verboden om voortaan rooms-katholieke kerkdiensten te houden. De “paapse ceremoniën” hadden hun tijd gehad. De geestelijkheid verloor haar posities, al konden priesters via een examen wel toegelaten worden tot dienst in de gereformeerde kerk. Alle kerkelijke goederen kwamen in handen van de overheid.
Afscheiding en Doleantie
In 1834 ontstond er een scheuring in de Nederlandse Hervormde Kerk, toen ds. Hendrik de Cocq uit Ulrum en zijn gemeente zich afscheidden. Volgens ds. De Cocq was de Hervormde Kerk van de gereformeerde belijdenisgeschriften afgeweken. De Afscheiding vond veel navolging, met name op het platte land. In 1836 waren er al 130 afgescheiden gemeenten.In 1886 vond een tweede uittocht plaats van orthodox hervormden uit de Nederlandse Hervormde Kerk, onder leiding van dr. Abraham Kuiper (de doleantie). Gevolg hiervan was het ontstaan van de Gereformeerde Kerken van Nederland.
Een belangrijke factor voor zowel de Afscheiding als de Doleantie was ook de groeiende weerstand indertijd tegen het toenmalige Algemeen Reglement voor het Bestuur der Hervormde Kerk.
De Afscheiding en de Doleantie hebben ook een grote invloed gehad op het kerkelijk leven in Apeldoorn.
Oude Mariakerk (ca. 1200-1842)
De oude Mariakerk stond tot 1842 aan de Dorpsstraat, het huidige Raadhuisplein, midden in het centrum van Apeldoorn. Vanaf ca. 1200 stond hier al een kerk. De kerk was oorspronkelijk rooms-katholiek, maar in 1595 gaf het Hof in Arnhem opdracht om pastoor Voet niet meer toe te laten in de kerk. Zijn opvolger werd dominee Theodorus Jacobi. Niet iedereen was het eens met deze gang van zaken, maar de “opstand” duurde maar kort. De kerkgangers wenden kennelijk snel aan de nieuwe situatie.
Eén van de dingen die veranderden met de intrede van het protestantisme was, dat er voortaan ook doden in de kerk begraven konden worden. Zo werd in 1820 de op het Loo overleden weduwe van Stadhouder Willem V in de kerk begraven.
Grote of Nieuwe Kerk (1842-1890)
In het begin van de 19e eeuw was de situatie zodanig dat de Oude Kerk grondig aangepakt moest worden. Gekozen werd voor afbraak om plaats te maken voor een gemeentehuis en een markt. Er moest dus een nieuwe kerk gebouwd worden.
In 1842 werd de laatste dienst gehouden in de oude Apeldoornse dorpskerk en al snel daarna werd begonnen met het slopen van de kerk.
Koning Willem I had in 1835 al laten weten dat het hem behaagd had uit eigen middelen een kerk te laten bouwen voor de protestanten in Apeldoorn. Die kerk mocht alleen niet worden gebouwd op de plek van de bouwvallige en daarom afgebroken Mariakerk, maar aan de Loolaan, dicht bij Het Loo.
De kerk moest gemakkelijk zijn te bereiken voor de bewoners van het dorp Het Loo, waartoe ook de koninklijke familie behoorde. Voor het Hof moesten 74 plaatsen worden gereserveerd. De koning betaalde, dus kreeg hij zijn zin.
De kerk van de Reformatie heeft de oude kerken niet gesloopt, maar heringericht voor de gereformeerde eredienst. Ook als een getuigenis voor stad en dorp.
Op 5 juni 1842 werd de Nieuwe Kerk aan de Loolaan (de voorloper dus van de huidige Grote Kerk) in gebruik genomen. De bouwstijl van deze kerk was geïnspireerd op de Griekse tempels uit de oudheid, compleet met Ionische of Dorische zuilen.
Willem I was overgekomen uit Berlijn om de opening bij te wonen en was ’s middags ook aanwezig bij het concert van een militaire kapel op het voorplein van paleis Het Loo.
Op 29 maart 1890 is deze kerk in brand gevlogen, waarschijnlijk veroorzaakt door dak werkzaamheden. De kerk moest geheel als verloren worden beschouwd…
Nieuwe Mariakerk
In 1845 verrees aan de Stationsstraat een nieuwe Mariakerk: de eerste rooms-katholieke kerk in Apeldoorn na de Reformatie.
Sinds 2015 heet de Mariakerk: Onze Lieve Vrouwekerk en is (weer) de enige rooms-katholieke kerk van Apeldoorn.
